劇院裡有三道對應觀眾階級的入口。供一般大眾使用的入口位於建築物中心，被稱為「鼠木戶」（老鼠入口）。據說為了保證只有付了錢的觀眾才能看到表演內容，這道開口被設計得非常低矮狹窄，觀眾都必須彎下腰來魚貫入場，這道門也因此得名。
另外兩道入口則是在建築物的正面，其中御用木戶（VIP入口）是在右邊，大木戶（大入口）則在左邊，後者是供那些買了昂貴門票的人使用。

從「木戶（入口）」進場後，就會來到一處有著泥土地的寬闊空間。其右側為售票處，遊客可在此購買門票；入場處的兩側則有用來寄存鞋子的地方。走進「內木戶（內門）」之後，服務員會將客人的鞋子掛起來，並提供客人用來領取鞋子的號碼牌。在拿到號碼牌後，遊客便可以入座。

「鳥屋」是位於花道（演員通道）盡頭的後台空間。花道是日式歌舞伎劇院具備的狹長結構，屬於舞台的附加部分，連接舞台與後台。演員會從舞台後方的地下空間進入鳥屋，等待自己走上花道登台演出的那一刻。鳥屋也是離開舞台的出口，因此是個非常重要的地方。
鳥屋正面掛有名為「揚幕」的布幕，上面會展示劇院的紋章。裝在布幕上的圓環會在布幕開關時發出獨特的聲響，製造出戲劇效果。

「平場」（水平區）是一樓座位的中間部分。這些座位從右至左以平假名的「I、Ro、Ha、Ni、Ho、He、To、Chi、Ri、Nu……」排序，從中可見傳統的日式風格；最接近到最遠離舞台的座位，則分別被冠以壹到拾壹的大寫數字；劇院中央的座位被稱為「枡席」（四方形座位），最多可坐五個人。這種有彈性的座位安排讓觀眾能自由移動或轉向以觀看舞台、花道（演員通道）或在空中飛舞的演員。觀眾席如緩坡般逐步上升，離舞台越遠、座位就越高，以確保所有觀眾都能清楚看到舞台。
劇院一樓與二樓兩側也有棧敷席（包廂）可用。
此外還有五條橫跨平場、寬15公分的「步板」，方便觀眾入席。
最前排、緊靠舞台座位的日文名稱「kaburitsuki」有「大口咬定」之意，觀眾在此可以觀賞最精彩的歌舞伎表演。最前排的座位還有個別名叫「雨落」，這是因為當戲劇中使用了很多水，坐在這裡的觀眾就會被噴到。

在四國金毘羅歌舞伎劇場的演出中，座位的名稱與編號可能略有不同，敬請留意。

位於平場（中央座位區）左右、略為架高的包廂座位被稱為「出席」或「出孫」。在過去，這些座位是被保留給劇院的贊助人或常客，現今西側的座位被稱為「西出孫」、東側的座位則被稱為「東出席」。
「奧場」是本花道（主要花道）與臨時花道（次要花道）的後台空間。這裡在歷史上會以低矮的柵欄隔開，讓服務員在此監控觀眾、根據座位收取額外的費用，此費用獨立於在入口收取的門票錢。服務員也會在此觀察觀眾是否有坐在正確的座位上。

在四國金毘羅歌舞伎劇場的演出中，座位的名稱與編號可能略有不同，敬請留意。

在日式歌舞伎劇院中，「花道」（演員通道）作為舞台的附加部分，是一條長而狹窄的加高走道，從劇院背面延伸到主要座位區的中央偏左處，穿過觀眾席連接到舞台。這條走道可以被當成多種場景，像是道路、城池中的通道，或甚至是大海。當演員使用這條走道時，他們正好能移動到觀眾中間，為演出增添強大的戲劇性與興奮感。演員登場時會穿過揚幕，這種布幕開啟時都伴隨著木塊互擊的聲音，藉此提醒觀眾演員即將現身，更加提升戲劇性的緊張感。
這條走道寬1.3公尺、長14公尺。它通往被稱為「鳥屋」的小型等待區，演員都會從這裡進出。除了作為角色的出入口之外，花道也被用在獨立於主要演出之外的場景，堪稱是歌舞伎表演不可或缺的一部分。
「臨時花道（次要花道）」會從劇院背面沿著劇院右側延伸至舞台，它寬0.8公尺、長14公尺。這條次要的花道原本是在江戶時代作為往觀眾席的通道而設置，但過往的演員們發現了它潛藏的戲劇效果，並開始將其應用於歌舞伎演出中，正如第二條花道一般。兩條花道都會在金丸座的演出中派上用場，讓觀眾能最大限度地享受到歌舞伎的樂趣。

「空井戶」（乾水井）是主要舞台與花道（演員通道）相交處的方型開口（不使用時會關上）。現代的劇院已不再有此設計，但據說它曾在日本江戶時代的上方地區（京都、大阪）派上過用場。它連結到奈落（地下區域）並有許多用途，像是除了供演員出入和快速換裝以外，它也能擔任水井或池塘的角色。金丸座是現今唯一仍保留此功能的劇院。
「甲魚」洞穴是花道上的一道「活板門」，其位置接近舞台，長0.8公尺、寬0.6公尺。在金丸座，這道活板門可透過底下的人上下移動。甲魚（鱉）這個名稱源自歌舞伎演員從舞台下方往上升的樣子，這在觀眾眼中就像露頭的甲魚一樣。這道門主要是用來讓幽靈、鬼魂與妖怪登場。

「旋轉舞台」是直徑7.3公尺的圓形舞台，設置於舞台的中央。舞台是從地板中央被切離開來，其下有著用來轉動舞台的機械結構。旋轉舞台可以360度旋轉，最初就是為了用於歌舞伎劇院而開發。它主要是用於改變場景與製造其他效果，現代劇院會以電力轉動舞台，但在金丸座仍然是使用人力。
旋轉舞台底下是被稱為「奈落」的空間，這裡會在泥土地上放置4根竿子與36塊踏腳石。只要壓下竿子，就能踩著踏腳石轉動中央舞台。舞台與其框架之間有木製的轉軸（或軸承），這些幫助舞台旋轉的構造共有26組，每組都有3根轉軸。2010年時，這些木製轉軸被日本機械學會認定為機械遺產。
在旋轉舞台當中，設有分離式的升降機或活板門，其又稱為「昇降台」（0.9公尺×1.9公尺）。這是一種長方形的平台，可當作升降機使用，能下降到奈落並回升至舞台。使用昇降台是為演出增添戲劇化緊張感的另一種方式，但它同樣需要人力操作。

「囃子場」是演奏歌舞伎伴奏音樂的地方。正如此處一般，它通常是位於舞台正後方用格子窗隔開的小空間，觀眾只能隱約看見演奏者。金丸座的囃子場是在舞台左半邊，表演者會於此演唱長唄、常磐津和清元，並演奏音樂以提高表演的戲劇效果。
長唄正如其名是「長歌」之意，可以回溯到江戶時代，是一種伴隨表演的傳統歌曲。它受到能劇歌唱方式的影響，演唱時會有三味線與太鼓的伴奏。根據表演的類型，樂器還可能包括各種尺寸的鼓、不同種類的笛子、其他樂器，以及無數用來製造音樂的裝置。
「點床」是在舞台兩側上層的區域，太夫（旁白）會在此演唱插曲。

「奈落」一般是指舞台與花道（演員通道）之下的區域，其名源自佛教對地獄的稱呼「奈落」，用來比喻地下黑暗而令人毛骨悚然的空間，讓人想起佛教的地獄。
這裡也是多種歌舞伎相關機械操作進行之處，例如開啟圓形舞台、空井戶、甲魚的升降機，以及旋轉圓形舞台等。與其他當代的歌舞伎劇院不同，這些功能在金丸座都是使用人力。
周邊的石牆有2.5公尺的深度，地面則是泥土地。由於奈落位於地下，演員可以在不被觀眾發現的情況下，從後台休息室移動到鳥屋。

「樂屋」位於兩層樓，是演員與工作人員為演出做準備的地方，類似於西方劇院的後台休息室。樂屋包括演員們的更衣室、囃子方（樂團）的休息室，以及床山（髮型師）為演員精心準備髮型的地方。這座劇院裡的樂屋仍然保留著江戶時代的氛圍，但由於現代的演員比過去高得多，他們很難穿著全套戲服走下樓梯，因此現今只有一樓仍在使用。

二樓提供對花道（演員通道）與舞台居高臨下的視野。這裡有兩側的包廂與後方的座位區，後者被稱為「對向棧敷」（對面的包廂）。此處座位被分成三種等級或說是區域，也就是「前、中、後」。這些區域又被稱為「前舟」、「中舟」、「後舟」。
在歷史上，花道旁遠離舞台的一側還有供一般入場者使用、名為「日之出」的一樓座位。這個座位區並沒有再被細分，「日之出」這個名字則與其位於東側（日出的方向）這點有關。

在四國金毘羅歌舞伎劇場的演出中，座位分區的名稱可能略有不同，敬請留意。

金丸座於2003年的裝修工程，展露了其中的「葡萄架」與幫助演員飛天的「吊鋼絲」機關。在歷史悠久的金丸座，葡萄架不只停留在舞台上方，還延伸到了觀眾席。
葡萄架就像是網狀的天花板，由500枝長竹竿組成，用草繩綁成格子狀。這樣的天花板提供了合適的高台，讓工作人員能向觀眾拋灑紙做的雪花或櫻花。有時在黑暗中，這裡還會有小燈泡飛舞以表現螢火蟲。
吊鋼絲是讓演員在空中飛舞的機關。機關本身約長17公尺、寬60公分，懸吊在花道（演員通道）上空5公尺處，從舞台一路延伸到包廂座位之上的天花板。金丸座的吊鋼絲機關非常稀有，同類機關只有極少數存留至今，因此它也是研究戲劇史的重要資料。
在過去，這種機關是使用草繩，但現今已改成鋼絲和電動馬達以保證安全。演員冉冉升起至空中的壯觀場景，總能讓觀眾為之興奮且著迷。

在金丸座，劇院東側與西側的包廂座位後方與上方均有「照明窗（附遮光板的窗戶）」，其開關程度可用來調整劇院內有多亮。遮光板分成紙製與木製兩種，能互相搭配達成不同的照明風格。紙製的可以引入自然的陽光，木製的則能配合演出需要，以手動一齊關閉，讓劇院猛然陷入黑暗。
「顏見世提燈」是一種寫上演員家紋的燈籠，會被懸掛在觀眾席的上方。在演出中，這些燈籠能夠提醒觀眾有哪些演員登台，以及他們的等級。當觀眾進入劇院時，這些燈籠肯定會使他們大為驚奇，因為它們有著大到令人印象深刻的尺寸，以及震撼人心的外型（高1.2公尺x寬45公分）。

「櫓」是裝設在戲院外牆上，帶有柵欄的小型木製瞭望台。公演期間的每天早上都會有人敲擊太鼓，並從欄杆上升起旗幟，用以展示戲劇製作人或當下劇團紋章。在金毘羅歌舞伎劇場的全盛期，旗幟上都是「佐伯鶴之丸（佐伯家的家紋、圓形的鶴）」的紋章。

佐伯鶴之丸的圖案是取自元祿年間畫有「金毘羅祭禮圖」的屏風，上面有對劇院的描繪。該屏風目前被收藏於金刀比羅宮。